Um amigo próximo de MacGyver é assassinado. Em busca de uma razão para este assassinato, MacGyver descobre uma fábrica de armas nucleares secretas bem no centro da Grã-Bretanha...
MacGyver e seu ex-professor universitário estão primeiro caçando alguns artefatos atribuídos a Zenon, um antigo cientista de Atlântida e, mais tarde, a própria cidade perdida de Atlântida...